«ماتریکس» که بیست و یک سال قبل عرضه شد، میلیون‌ها بیننده را به چالش کشید، و موجب خلق چند دنباله (از جمله قسمت چهارم که تا آوریل سال ۲۰۲۲ به تعویق افتاد) شد، و بحث‌های فرهنگی بسیاری نیز به راه انداخت. در دل داستان چند لایه‌ای که واچوفسکی‌ها خلق کردند، نشانه‌هایی در خصوص مسائل تراجنستی وجود داشت که در زمان اکران فیلم توجه چندانی به آن نشد. «لیلی واچوفسکی» به تازگی اهداف اصلی خود از خلق دنیای «ماتریکس» را با جزئیات بیشتری توضیح داده است.
واچوفسکی در مصاحبه با «نتفلیکس فیلم کلاب» می‌گوید قصد اصلی «ماتریکس» این بوده که به عنوان «تمثیلی برای تراجنسیت عمل کند و از ژانر علمی-تخیلی برای بررسی مشکلات مرتبط با هویت و تکامل استفاده کند.» این فیلمساز می‌گوید خوشحال است که مردم در مورد «ماتریکس» و روایت مرتبط با مسائل تراجنسیتی آن گفتگو می‌کنند: «خوشحالم که آن فیلم‌ها برای افراد تراجنسیتی ارزشمند بوده… خوشحالم که می‌توانم طنابی برای آن‌ها پرتاب کنم و به آن‌ها در مسیری که طی می‌کنند یاری برسانم.»
واچوفسکی در ادامه اضافه می‌کند:
«خوشحالم که مطرح شد. این هدف اصلی ما بود، اما دنیا کاملاً آمادگی نداشت – دنیای تجارت آماده نبود. وقتی فیلم می‌سازید، با یک فرم هنری عمومی سر و کار دارید. به نظر من هر نوع هنری که در دنیا خلق می‌کنید، یک فرایند رها‌سازی است، زیرا وارد گفتگوی عمومی می‌شود. این جنبه‌اش را دوست دارم، فرایند تکاملی وجود دارد که ما به عنوان انسان در هنر به صورت غیر-خطی با آن درگیر می‌شویم. همیشه می‌توانیم در مورد مسئله‌ای به شکلی تازه گفتگو کنیم.»
«لیلی واچوفسکی» اضافه می‌کند:
«فیلم «ماتریکس» تماماً در مورد میل به تبدیل شدن بود. همه‌اش از زاویه‌ی دید همجنس‌گرایی می‌آمد. ما [در ابتدا] شخصیت «سوئیچ» را داشتیم که می‌خواست در دنیای واقعی مرد باشد و در دنیای «ماتریکس» زن.» استودیوی برادران وارنر از این ایده استقبال نمی‌کند و «سوئیچ» در هر دو دنیا زن به تصویر کشیده می‌شود.
اگرچه «لیلی واچوفسکی» در دنباله‌ی «ماتریکس ۴» با کارگردانی خواهرش «لانا واچوفسکی» مشارکت نکرده، اما انتظار می‌رود که فیلم بررسی مسئله‌ی هویت را ادامه دهد.
